虫食いなどのない粒のそろった大豆を用います。好みにもよりますが、小粒大豆の方が理想的です。１００グラムの大豆から２００グラム強の納豆ができることを頭に入れておきます。

大豆にはドロや雑菌などが付着している場合がありますから、ゴシゴシと米を研ぐ要領でよく洗います。

夏は１０時間くらいで、それ以外は２０時間前後。水に浸した大豆は３倍くらいの大きさになります。

浸した水をそのまま使用し、水に溶けだした栄養分をもういちど煮豆の中に吸収させます。煮立つまでは強火にし、あとは、とろ火でゆっくりと煮上げます。４．５時間でやわらかくなりますが、美味しい納豆に仕上げるコツは、親指と小指で煮豆をはさんでつぶれるくらいのやわらかさに煮上げることです。

いよいよ納豆の仕込みですが、むずかしくはありません。煮豆に納豆菌を接種する方法には、次の三通りがあります。

いちばん手軽なのはAの方法で、この場合は、製造日付の新しい納豆を選び、煮豆２００グラム（原料大豆１００グラムで、これくらいになります）に対して、市販の納豆を大さじ山盛り1杯の割合で混ぜたものをタネにして発酵させます。納豆菌が入手できれば、Bの方法がもっとも成功率が高いでしょう。最近では、薬局や薬屋さんなどでも納豆菌を置いている場合が多くなっています。粉末の納豆菌を湯ざまし、あるいは大豆の煮汁で溶き、煮豆にかけます。Cは伝統的な作り方で、ワラで竜を作り、その中に煮豆を詰め、ワラに掛んでいる納豆菌をタネとして発酵させます。日本産の稲ワラ一本には、だいたい１０００万個の納豆菌が付着しており、これを上手に使用して納豆を作るわけです。

納豆菌を混ぜる作業は、A、B、Cのいずれの場合でも、煮豆の熱いうち（摂氏８０度くらい）に発酵用の容器の中で手早くするのがコツです。冬場など煮豆が冷えてしまうとうまくいかない場合があるので注意しなければなりません。

発酵用の容器は、重箱や弁当箱、ポリ容器、ふたつきの陶器など何でも利用できますが、手軽で熱湯消毒が可能という点で、ふたつきのポリ容器（なるべく耐熱性のもの）が便利です。ふたは完全密封せず、ふたの角に割り箸一本をはさんで通気孔を作っておきます。

納豆菌を混ぜたら、容器は清潔なタオルなどで包み、摂氏４０度から４２度くらいの温度でほぼ２０時間ほどねかせると、納豆になります。

湯タンポや電気ゴタツ、電気アンカ、さらには風呂の湯なども活用できます。

発酵容器が最後まで熱を保持していたら、まず納豆になっているはずです。ふたをとると、煮豆の上にうっすらと白い納豆菌の膜がかかり、粘りが出ていたらでき上がり。大成功です。納豆になったら、保温を中止し、室内にしばらくそのまま置き、納豆特有の風味とうまみを熟成させます。これを「後発酵」と呼び、保温開始から後発酵まで、まる一日くらいかけるのがよいでしょう。

よく発酵した納豆には、納豆菌が１グラム（大粒で２個くらい、小粒で４個くらい）当り１０億個も生存しており、納豆菌が生産した酵素がたくさん蓄積されていますから、あたたかい所におくと、発酵がさらに進み、色も黒ずんできます。この状態になると、アンモニア臭も出てくるので味も落ちます。また、発酵が進み過ぎたり乾燥したりすると、タンパク質が分解されて生成されるチロシンという水に溶けにくい結晶が、納豆の表面に発生します。このチロシンはケシ粒くらいの大きさで、カどのように見えたりします。食べるとシャリシャリしていて、渋味がありますいずれにしても、チロシンが出てくるということは、納豆が古くなった証拠であり、これを防ぐためには、乾燥しないように、ポリフィルムなどでパックして冷蔵庫に入れておくとよいでしょう。このようにすれば、手作り納豆でも５日間くらいは保存できます。